Dr. Doofenshmirtz se aliará con Red Skull, Venom, Modok y Whiplash para quitarle sus poderes a Iron Man, Hulk, Spider-Man y Thor. ¿Podrán Phineas y Ferb ayudar a los superhéroes de Marvel?. La trama iniciará cuando el Dr. Doofenshmirtz, en alianza con Red Skull, Venom, Modok y Whiplash, crea un invento y accidentalmente le quita los poderes a Iron Man, Hulk, Spider-Man y Thor. Ahora le tocará a Phineas y Ferb de hacer equipo y ayudar a los Marvel Super Héroes para ayudarles a recuperar sus poderes y derrotar a los famosos villanos.