La película consta de nueve tramas paralelas que tienen lugar en el Valle de San Fernando, en Los Angeles: un niño prodigio, el presentador de un concurso de televisión, un ex-niño prodigio, un moribundo, su hijo perdido, la mujer y el enfermero del moribundo. Son historias aparentemente independientes, pero que guardan entre sí una extraña relación. Magnolia es el retrato de la vida americana visto a través de una serie de viñetas cómicas y conmovedoras.