La historia da lugar en un mundo futurista en el que una organización paramilitar llamada NERV protege a la humanidad de los ataques de seres de origen y naturaleza desconocidos, los «ángeles», utilizando para ello mechas humanoides llamados «EVA». A medida que avanza la trama, esta se vuelve paulatinamente más confusa y psicológica, en donde las personalidades de los personajes se hacen cada vez más inestables y su desarrollo se torna fundamental.